广说轮回痛苦之迷基
宣说三界迷乱之所依
所有一切痛苦的根本所依，就是我们内在的身语意三门。
众生身语意三门，欲界色界无色界，
现与半现不现城，苦苦变苦行苦逼，
由心意识增长故，不断迷现境苦乐。
身体是粗大的物质聚合，通过肉眼可以看到，叫做“现城”。语言只能通过耳朵听见，眼睛不能看到，只有一半的显现，叫做“半现城”。心里的意识任何人也看不到，它无形无色，没有五根门之相，所以叫做“不现城”。另外所谓的现，是指欲界；半现是指色界；不现是指无色界。
龙钦巴尊者说过，欲界的地狱、饿鬼、旁生三恶趣的众生主要感受苦苦，欲界天和色界天主要感受变苦，无色界天主要感受行苦。欲界众生具备身语脉，有真实的有血有肉的身体；色界的天人没有粗大的实质性的身体，他们的身体全部都是由光组成的，像彩虹一样的显现；无色界的天人没有身体，只有一个心的意识。以此而分别称为现城、半现城和不现城。
心是无分别的，意是有分别的，心和意之间有着非常微细的差别。识是指我们的眼识、耳识、鼻识、舌识等。“增长”指的是出现。根缘着境会出现识，比如眼睛看到欢喜的色法之后自然会产生贪心，或者看到一个不喜欢的东西会产生嗔恨心。缘着外境产生了种种贪嗔痴，充满了苦乐的感受，这就产生了三界轮回。
宣说八识聚迷乱之基
普基识意五根识，依次乃为处次第，
彼生因果三有苦，根本无明能所取，
形成境身心习气，执我我所成轮回。
“普基”和“普基识”是指我们的阿赖耶和阿赖耶识。“五根识”是指眼识、耳识、鼻识、舌识、身识。“依次”是指根境识不是同时产生，而是次第地产生，由根缘着境后产生识。缘取任何法时首先是根和外境接触，然后心再进行辨别，如这是一个柱子，那是一块布。在心识了知这是一块布或者是一根柱子的时候，这已经是前一刹那的事情了。我们的五根识、阿赖耶识、意识和染污意全部都是在普基阿赖耶中所出现的。对于外境的声音或者色法等有了辨别，再开始产生贪嗔痴种种染污的意识。
以上的识是同时从阿赖耶中出现的。如同母亲肚子里的胎儿，最初只是一个胚胎，然后慢慢长成人的形状，它的眼睛、耳朵、鼻子、舌头是同时长成的，如同开放的花朵一样，胎儿是在同一时刻具备这些五根的，并不是先长出嘴巴，再长出舌头具有舌根，然后再长出眼睛具有眼根。同样我们的五根识最初是在阿赖耶之中，然后慢慢地出现了眼识、鼻识、耳识等，虽然是慢慢地出现，但是是同时出现的。
“根本无明”指的是我们不知道善恶，相续中充满了无知和烦恼，比如看不懂经文，没有正确的见解，不修持善法，这些都属于根本无明。因为有根本无明，我们会产生烦恼，执著于我，缘着外境而产生种种的贪嗔痴，流转于轮回中。眼耳鼻舌身意的习气存在于阿赖耶之中。有了这个习气开始执著于我，就会对任何一件事情，产生我怎么样、我好、我坏、我的东西等执著。由于执著于我，就有了“我所”，产生这个是我的衣服、我的电话等种种的“我所”。由于被我和我所逼迫，会产生痛苦和忧恼，而流转于轮回之中。“习气”是指我们这个非常细微的心。
阿赖耶是属于最基础最原始的东西。阿赖耶不具备眼耳鼻舌等，它不等同于五根，是属于平等舍的状态，不取善也不取恶，它对所有的一切都不取，没有任何分别，连无分别意也没有。比如我们现在坐在这个地方，任何念头都不生起，也不缘一个外境，没有贪嗔痴的涌现，也没有信心，这个叫做阿赖耶。阿赖耶和阿赖耶识是有差别的，阿赖耶识是具有明现的，阿赖耶是最基础的，它不具备明现。阿赖耶就如同镜子，阿赖耶识就如同镜中的影像一样。清净、垢染的一切万法都在普基阿赖耶之中，它是属于最基础的东西。没有明现的修行是属于在普基之中修行；有明现的修行，是属于普基识中的修行。这就是阿赖耶和阿赖耶识这两者的差别。在普基阿赖耶中修行，来世会转生于无色界；在阿赖耶识中修行，也就是在具有一定明现的普基识之中修行，将来会转身于色界。
在修持大圆满的窍诀时，觉性和阿赖耶是有差别的，修持窍诀的人要注意这个差别。它们有什么差别呢？阿赖耶是觉性的所依，觉性是从阿赖耶之中产生的，这是它们的关系。如果没有阿赖耶的话，就不会有心，没有心的话也就不存在修行。在没有获得觉性或者见解的某些时候，我们也会在阿赖耶中安住。但这个只是暂时的，而不是究竟需要依止的地方。我们最终需要认识的是这个觉性，而不是阿赖耶。我们打坐的时候，只能是暂时利用阿赖耶作为过渡期，最终我们是要认识觉性，不能永远停留在于阿赖耶之中来修行。
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